2008-09 sezonunda oynanan Beşiktaş-Fenerbahçe maçı, kupa tarihinde İzmir'de oynanacak olan 9. final karşılaşması olurken, İzmir Atatürk Stadı'nda yapılacak 6. final müsabakası oldu. İzmir Atatürk Stadı'nda günümüze kadar yapılan toplam 6 finalde Beşiktaş 4.kez kupaya uzanan takım oldu. Ayrıca bu sezon kupayı kazanan Beşiktaş'ın başında bulunan Mustafa Denizli , 1990-91 sezonunda İzmir'de kupayı kazanan Galatasaray'ın başında bulunuyordu.

Beşiktaş bu sezon Fortis Türkiye kupasında 9 maçta oynarken tüm maçlarda forma giyen tek oyuncu Filip Holosko oldu. Holosko 9 maçta 594 dakika sahada kalırken 4 gol kaydetti. Beşiktaş'ın kupada en golcü oyuncusu ise 7 golle Bobo olurken, 2.sırada Holosko yer aldı.