Kura çekimine 28'i 1. ön eleme turundan gelen, 36'sı da bu turda katılan toplam 64 takım katılacak. Beşiktaş, kura çekiminde seri başı takımlar arasında yer alacak. Çift maçlı eleminasyon usulüne göre yapılacak 2. ön eleme turunda ilk karşılaşmalar 11, rövanşları ise 25 Ağustos'ta yapılacak.

Beşiktaş, 2. ön elemeyi geçtiği takdirde UEFA Kupası'nda 1. turda mücadele etmeye hak kazanacak. Galatasaray'ın da doğrudan yer alacağı ve 80 takımın katılacağı 1. tur maçlarının kura çekimi, 26 Ağustos'ta Monaco'da yapılacak ve maçlar 15 ile 29 Eylül'de oynanacak.

Beşiktaş bu turu geçerse, ilk kez geçen sezon uygulanan sisteme göre gruplara kalacak ve 5'erli 8 grupta toplam 40 takım mücadele edecek. Grup maçlarının kurası 4 Ekim'de Nyon'da çekilecek. Gruplarda her takım 4 maç yapacak ve ilk 3'e girenler bir üst tura yükselecek. Bu turda, gruplardan gelen 24 takımın yanısıra, Avrupa Şampiyonlar Ligi'nde gruplarında 3. olan toplam 8 takım mücadele edecek. 16'lı eleme, çeyrek final ve yarı finalin ardından kupanın finali 10 Mayıs 2006'da Hollanda'nın Eindhoven kentinde yapılacak.