Yeteri kadar süre alamadığı için Beşiktaş'ta mutsuz olan ve Cenk Tosun'un gelişiyle birlikte forma şansının iyice azaldığını düşünen Mustafa Pektemek'in ismi Fenerbahçe ile anılıyordu.

Ancak, kulüpte yaşanan ekonomik sıkıntıyı da göz önüne alan teknik direktör Slaven Bilic'in "Sadece Cenk ve Ömer'le olmaz. İyi bir Mustafa her zaman takıma fayda sağlar" raporunun ardından yönetimin, tecrübeli golcüyü takımda tutma kararı aldığı öğrenildi.

Mustafa Pektemek'in Beşiktaş'la sözleşmesi 2015 yılının Mayıs ayında sona erecek.