UEFA Kupası'nda final maçı, 20 Mayıs 2009 tarihinde Fenerbahçe Şükrü
Saracoğlu Stadı'nda yapılacak. İlk maçların 14 Ağustos, rövanş karşılaşmalarının ise 28 Ağustosta oynanacağı kupada, diğer eşleşmeler şöyle gerçekleşti:

Güney Torbası:
-------------
Braga (Portekiz) - Zrinjski (Bosna Hersek)
Lokomotiv Sofya (Bulgaristan) - Borac Cacak (Sırbistan)
Aris Salonika (Yunanistan) - Slaven Belupo Koprivnica (Hırvatistan)
Omonia Nicosia (Güney Kıbrıs Rum Kesimi) - AEK Athens (Yunanistan)
Vllaznia Shkoder (Arnavutluk)  v Napoli (İtalya)
APOEL Nicosia (Güney Kıbrıs Rum Kesimi) - Kızılyıldız (Sırbistan)
Deportivo Coruna (İspanya) - Hajduk Split (Hırvatistan)
Litex Lovech (Bulgaristan) - Hapoel Ironi Kiryat Shmona (İsrail)
Vojvodina Novi Sad (Sırbistan) v Hapoel Tel Aviv (İsrail)
Maccabi Netanya (İsrail) - Cherno More Varna (Bulgaristan)

Orta-Doğu Torbası:
------------------
VfB Stuttgart (Almanya) - Gyor ETO (Macaristan)
FC Zurich (İsviçre) - Sturm Graz (Avusturya)
Lech Poznan (Polonya) - Grasshoppers (İsviçre)
Slovan Liberec (Çek Cumhuriyeti) v Zilina (Slovakya)
Metalurgs Liepaja (Letonya) - Vaslui (Romanya)
Young Boys (İsviçre) - Debrecen (Macaristan)
WIT Georgia Tbilisi (Gürcistan) - Austria Vienna (Avusturya)
Suduva Marijampole (Litvanya) - Salzburg (Avusturya)
Interblock Ljubljana (Slovenya) - Hertha Berlin (Almanya)
Legia Warsaw (Polonya) - FC Moskova (Rusya)
Dnipro Dnipropetrovsk (Ukrayna) - AC Bellinzona (İsviçre)

Kuzey Torbası:
-------------
Djurgarden (İsveç) - Rosenborg Trondheim (Norveç)
Manchester City (İngiltere) - Midtjylland (Danimarka)
FC Honka (Finlandiya) - Viking Stavanger (Norveç)
Queen of the South (İskoçya) - Nordsjaelland (Danimarka)
Ghent (Belçika) - Kalmar (İsveç)
Aston Villa (İngiltere) - FH (İzlanda)
Stabaek (Norveç) - Stade Rennes (Fransa)
Haka Valkeakoski (Finlandiya) - Brondby (Danimarka)
FC Copenhagen (Danimarka) - Lillestrom (Norveç)
Elfsborg Boras (İsveç) - St. Patrick's Athletic (İrlanda)