Sergen, milli formayı ise son olarak 14 Kasım 2001'de, İstanbul Ali Sami Yen Stadı'nda Avusturya ile yapılan ve ay-yıldızlı ekibin 5-0 kazanarak, 17. Dünya Kupası finallerine katılma başarısını gösterdiği Avrupa Şampiyonası baraj maçında giymişti. Sergen bu maçta 63. dakikada Okan Buruk'un yerine oyuna dahil olmuştu. Deneyimli futbolcu böylece, 7 Haziran'daki maçta forma giymesi durumunda tam 560 gün sonra ay-yıldızlı formayı taşıyacak. Sergen, milli takımın son 19 maçında forma giyemedi.