Beşiktaşımızda başarılı bir dönem geçirdikten sonra Rusya'nın Lokomotif Moskova takımına transfer olan Manuel Fernandes, burada son derece başarılı bir sezon geçirdi. Rusya'da şampiyonluğu elde eden Portekizli oyuncunun takıma büyük katkısı oldu. 2

9 maçta görev alıp, 7 gol atan Fernandes takımının skor gücüne ayrıca 6 asistle katkıda bulundu. 32 yaşındaki oyuncu buna rağmen Rusya'da mutlu olmadığını bildirdi. 

Menajeri aracılığıyla Beşiktaş'a dönmek istediğini ileten Fernandes'in, "Ne olur Beşiktaş beni alsın. Futbolu orada bitirmek istiyorum. Bizim oynadığımız şartlar zordu, stat yoktu. Şimdi Beşiktaş'ta oynamak çok daha keyifli olur" dediği belirtildi. Ancak Beşiktaş yönetimi takımda gençleştirme operasyonu başlattığı için 32 yaşındaki Manuel Fernandes'i tekrar almayı düşünmüyor.

Manuel Fernandes, Beşiktaş'ta çıktığı 112 maçta 20 gol ve 21 asistle takıma büyük katkıda bulunmuştu.