80 takımın katılacağı 1. turda maçlar, 15 ve 29 Eylül'de yapılacak. Bu turu geçen takımlar, ilk kez geçen sezon uygulanan sisteme göre gruplara kalacak ve 5'erli 8 grupta toplam 40 takım mücadele edecek. Grup maçlarının kurası 4 Ekim'de İsviçre'nin Nyon kentinde çekilecek. Gruplarda her takım 4 maç yapacak ve ilk 3'e girenler bir üst tura yükselecek. Bu turda, gruplardan gelen 24 takımın yanısıra, Avrupa Şampiyonlar Ligi'nde gruplarında 3. olan toplam 8 takım mücadele edecek. 3. tur, çeyrek final ve yarı finalin ardından kupanın finali 10 Mayıs 2006 Çarşamba günü Hollanda'nın Eindhoven kentinde yapılacak.