Beşiktaş'ta bir süredir gündemde olan Fernandes'in durumu netlik kazandı.
2012-2013 sezonunda takımı ligde sırtlayan ancak yaşadığı sakatlıklar ve mevcut teknik direktör Samet Aybaba ile yaşadığı sorunlarla da gündeme gelen Manuel Fernandes'in sezon sonunda takımdan ayrılacağı iddiaları gündemi uzun bir süre işgal ederken yıldız oyuncu Beşiktaş'ta kalma kararı aldı.
Samet Aybaba ile yolların ayrılmasının ardından Futbol Genel Direktörlüğü'ne getirilen Önder Özen'in Fernandes ile ilgili yaptığı açıklamalar, oyuncunun bu kararında etkili olurken Fikret Orman yönetiminin de oyuncuya karşı takındığı olumlu tavır Fernandes ile Beşiktaş arasındaki nikahın uzamasına sebep oldu.
Siyah beyazlı camiadan gelen bilgiler Fernandes'in Beşiktaş ile 3 yıllık yeni bir mukaveleye imza atacağı şeklindeyken UEFA'nın alacağı kararın ardından Fernandes'in kontrat konusundaki tutumunun değişmesinden endişe ediliyor.